การกำเนิดของนิกายโปรเตสแตนต์ มีผลสำคัญทั้งทางศาสนา และการเมืองมาก เพราะเป็นการทำลาย การติดต่อเกี่ยวพัน ในระหว่างพวกคริสต์ และทำให้กลุ่มคาทอลิก สังคายนาระเบียบ ของตัวเองให้เรียบร้อยขึ้น ขณะเดียวกันยังทำให้ฝ่ายคาทอลิก ตัดรอนอำนาจของสันตปาปาในกรุงโรม ทำให้เกิดรัฐอิสระอีกหลายแห่ง ดังนั้น ในช่วงนี้ จึงเรียกว่าเป็น ช่วงปฏิรูปศาสนาหรือ Reformation การเคลื่อนไหวอย่างต่อเนื่องของกลุ่มเหล่านี้ มีอิทธิพลต่อนิกายเล็ก ๆ ในภายหลัง โดยกลุ่มที่เป็นตัวเคลื่อนไหวนี้ มีดังนี้คือ

นิกายลูเทอแรน

นิกายลูเทอแรน (Lutheranism) เป็นผลจากการปฏิรูปศาสนาของลูเทอร์ แม้เขาต้องลี้ภัย แต่ทำให้มีเวลาแปลพันธสัญญาใหม่เป็นภาษาเยอรมัน และได้เขียนเกี่ยวกับพิธีกรรมรวมทั้งศีลศักดิ์สิทธิ์เป็นภาษาเยอรมัน เพื่อให้ชาวบ้านและคนทั่วไปสามารถเข้าใจหลักคำสอนและพิธีกรรม ซึ่งแต่เดิมมาเขียนเป็นภาษาละติน จึงยากแก่การสื่อความหมายให้เข้าถึงได้ จึงรู้ได้เฉพาะปัญญาชน นักบวช และนักศาสนาเท่านั้น

ผลงานของลูเทอร์นี้ ได้สร้างคุณประโยชน์ แก่ผู้ที่ไม่รู้ภาษาละติน ได้มีโอกาสเข้าใจแก่นแท้ของศาสนาคริสต์ได้ด้วยตนเอง ซึ่งตรงกับจุดประสงค์ของลูเทอร์ ที่ต้องการให้บุคคลสามารถ รับผิดชอบใน ความเชื่อของตน โดยไม่ต้องอาศัยบุคคลที่ 3 เช่น นักบวช กฎเกณฑ์ต่าง ๆ ในศาสนา เป็นเพียง สิ่งเปลือกนอก ที่ไม่สำคัญเท่ากับการที่บุคคลนั้นได้เผชิญหน้าต่อพระพักตร์พระเจ้าด้วยตนเอง นิกายนี้ จึงได้ตัดประเพณี พิธีกรรม ตลอดจนพิธีศักดิ์สิทธิ์บางเรื่องออกไปเหลือแต่พิธีบัพติศมาและพิธีมหาสนิทศักดิ์สิทธิ์ และสนับสนุนให้บุคคลเอาใจใส่ต่อคัมภีร์ไบเบิลซึ่งเชื่อว่าเป็นพระวจนะของพระเจ้า ที่ทำให้มนุษย์เข้าถึงความรอดส่วนบุคคล ภายในโบสถ์ของโปรเตสแตนต์ จึงไม่มีรูปเคารพ และศิลปกรรมที่ตกแต่ง ดังเช่น โบสถ์คาทอลิก บนแท่นบูชามีเพียงพระคัมภีร์เท่านั้น ที่เป็นสื่อกลางระหว่างมนุษย์กับพระเจ้า ส่วนอื่น ๆ ที่นอกเหนือไปจากนี้เป็นเพียง เปลือกนอกที่มาจากตัณหาของมนุษย์ และทำให้เราเกิดความยึดถือ ยึดติด ไม่สามารถเข้าถึงพระเจ้าได้

คริสตจักรปฏิรูป

ฮุลดริช ซวิงลี (Huldrych Zwingli) เกิดที่สวิสเซอร์แลนด์ มีชีวิตอยู่ระหว่างปี ค.ศ. 1484 - 1531 ได้รับแนวความคิดจากลูเทอร์ และปรัชญามนุษยนิยม ฮุลดริชไม่เห็นด้วยกับความคิดที่ว่า พิธีล้างบาป และพิธีศีลมหาสนิท เป็นศีลศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งเป็นเพียงความเชื่อภายนอกเท่านั้น หาใช่ความเชื่อในพระเจ้าอย่างแท้จริง เพราะพิธีล้างบาป ก็คือการปฏิญาณตน และพิธีมหาสนิท ก็คือการระลึกถึงวันเลี้ยงมื้อสุดท้ายของพระเยซูเท่านั้น พิธีเหล่านี้ไม่ใช่พิธีที่มีความศักดิ์สิทธิ์ ในตัวของมันเอง ดังที่เชื่อกัน ในสมัยนั้น จนทำให้คนส่วนมากละเลยที่จะศึกษาพระวจนะ เขาได้ปรับพิธีกรรมให้เรียบง่าย และเน้นที่แก่นแท้ของคำสอน

ลัทธิคาลวิน (Calvinism) ผู้ริเริ่มและบุกเบิกนิกายนี้ คือ จอห์น คาลวิน หรือกาลแวง เป็นชาว ฝรั่งเศส ได้รับการศึกษาที่ มหาวิทยาลัยปารีส ต่อมาได้สนใจ แนวคิดทางศาสนาของลูเทอร์และสวิงลี จึงได้รับคำสอนเหล่านั้นมาปรับปรุง คำสอนของเขาแพร่หลายเข้าไปถึงประเทศอังกฤษ ซึ่งเรียกว่า เปรสไบทีเรียน

คาลวินมีอิทธิพลในกรุงเจนีวา เขาถูกเชิญไปที่นั่นหลายครั้ง จนกระทั่ง ได้อาศัยอยู่ที่เจนีวา จนสิ้นใจ ในปี 1564 ผลงานที่สำคัญ คือ หนังสือศาสนา ที่ต่อมาได้กลายเป็นหลัก เทวศาสตร์ ของโปรเตสแตนต์ ชื่อ "สถาบันศาสนาคริสต์" (The Institutes of the Christian Religion) แต่เดิมเขียนเป็นภาษาละติน แต่ถูกแปลเป็นภาษาฝรั่งเศส ในเวลาต่อมา และถูกพิมพ์ถึง4 ครั้ง ในช่วงที่คาลวินมีชีวิตอยู่ หนังสือเล่มนี้ ช่วยให้เราสามารถเข้าใจ ศรัทธาของชาวคริสต์ คำสอนของนักบุญออกัสตินแห่งฮิปโป อีกทั้งทำให้เราเข้าใจ อำนาจของพระเจ้า เข้าใจในเรื่องบาปกำเนิดและเทวลิขิต นอกจากนี้ คาลวินได้ก่อตั้ง มหาวิทยาลัยเจนีวา และทำให้กรุงเจนีวา เป็นศูนย์นัดพบของชาวโปรเตสแตนต์ทั่วยุโรป

นิกายแองกลิคัน

นิกายแองกลิคัน (Anglicanism) หรือเรียกอีกอย่างหนึ่งว่า "คริสตจักรแห่งอังกฤษ" มีกำเนิดในประเทศอังกฤษ โดยมีสาเหตุมาจากพระเจ้าเฮนรีที่ 8 แห่งอังกฤษ ต้องการให้พระสันตะปาปาที่กรุงโรมอนุญาตให้พระองค์หย่าร้างและอภิเษกสมรสใหม่ แต่พระสันตะปาปาทรงปฏิเสธ จึงไม่พอพระทัยประกาศตั้งนิกายใหม่ที่เรียกว่าคริสตจักรแห่งอังกฤษ ไม่ขึ้นต่อกรุงโรม และทรงแต่งตั้งธอมัส แครนเมอร์ เป็นอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี

นิกายเพนเทคอสต์

นิกายเพนเทคอสต์ (Pentecostal) สหรัฐอเมริกาได้รับอิทธิพลคำสอนของกลุ่มขบวนการชีวิตที่บริสุทธิ์ (Holiness Movement) แล้วนำมาสอนในโรงเรียน ให้มีการรับบัพติศมาด้วยพระวิญญาณบริสุทธิ์ มีพระคัมภีร์เป็นมาตรฐานของความเชื่อและการดำเนินชีวิต แต่จะเน้นหนักในเรื่องของพระวิญญาณบริสุทธิ์ของประทานและการอัศจรรย์ ให้ความสำคัญเรื่องของนิมิตคำพยากรณ์และการทรงสำแดงของพระเจ้า เน้นให้พระวิญญาณทรงนำ เพราะฉะนั้นแม้จะมีระเบียบการนมัสการ แต่ก็ไม่ได้ยึดถืออย่างเคร่งครัด ให้เป็นอิสระภายใต้การนำของพระวิญญาณบริสุทธิ์

นิกายแบปทิสต์

นิกายแบปทิสต์ (Baptist) เริ่มมาจาก กลุ่มหนึ่งของพิวริตันในอังกฤษ ที่แยกตัวจากคริสตจักรแห่งอังกฤษ ต่อมาได้ขยายไปยังประเทศเนเธอร์แลนด์ และสหรัฐอเมริกา เน้นว่าความรอดเป็นของส่วนบุคคล จึงควรให้บัพติศมาแก่ผู้ที่สามารถตัดสินใจด้วยตนเองได้เท่านั้น ฉะนั้นจึงไม่เห็นด้วยกับการให้บัพติศมาแก่เด็ก เป็นแบบจุ่มทั้งตัวลงไป โดยอ้างจากรากภาษาเดิมของคำว่า แบ๊บติสต์ แปลว่า การฝังลงไป เป็นเครื่องหมายของการฝังชีวิตเก่าขึ้นจากน้ำ หรือ การเป็นขึ้นมาใหม่ กลุ่มนี้มีพระคัมภีร์เป็นมาตรฐานความเชื่อ และการดำเนินชีวิต ให้ความสำคัญด้านสัมพันธภาพสมาชิก

นิกายเพรสไบทีเรียน

นิกายเพรสไบทีเรียน (Presbyterian) ก่อตั้งในช่วงปี ค.ศ. 1530 โดย ฌ็อง กาลแว็ง เป็นนิกายที่แยกย่อยมาจากโปรเตสแตนต์ มีคณะธรรมกิจที่ได้มาจากการเลือกตั้ง เป็นผู้ดูแลสมาชิกคริสตจักรและเป็นผู้ตัดสินใจต่าง ๆ เพรสไบทีเรียนมีความเชื่อเช่นเดียวกับโปรเตสแตนต์อีกหลายๆคณะ คือเชื่อในพระเจ้าตรีเอกานุภาพ คือ พระบิดา พระบุตร พระวิญญาณบริสุทธิ์ เน้นการศึกษาพระวจนะ และเน้นเนื้อหาของพระคัมภีร์เป็นสำคัญ โดยส่วนใหญ่จะเน้นการนมัสการที่เรียบง่าย ไม่ได้เน้นเรื่องของการพูดภาษาแปลก ๆ หรือการอัศจรรย์ ส่วนมากคริสตจักรเพรสไบทีเรียนจึงมักจะนมัสการอย่างสุภาพเรียบร้อย เงียบ ๆ และไม่โลดเต้นมากนักในพิธีบัพติสมานั้นแตกต่างจากของแบปทิสต์ คือส่วนใหญ่ใช้การ พรมน้ำ มากกว่า การจุ่มทั้งตัว เนื่องจากไม่ได้มองว่าเป็นสิ่งที่ต้องยึด จึงสามารถพรมหรือจุ่มก็ได้แล้วแต่สถานที่ของคริสตจักรนั้น ๆ จะอำนวย

นิกายเมทอดิสต์

นิกายเมทอดิสต์ (Methodism) เกิดขึ้นโดยจอห์น เวสลีย์ (John Wesley ค.ศ. 1703 - 1791) เป็นชาวอังกฤษ ที่มีจุดประสงค์ ต้องการให้ ผู้นับถือพระเจ้า มีอิสรภาพมากขึ้น สามารถปฏิบัติศาสนา ไปตามหลักของเหตุผลให้เหมาะแก่ชีวิตของตน

นิกายแอดเวนทิสต์

คณะเซเวนต์เดย์แอดเวนทิสต์ (Seven Day Adventists) เป็นกลุ่มใหญ่ที่สุดของนิกายแอดเวนทิสต์ (Adventists) กลุ่มนี้เน้นวันสุดท้ายของโลก และการมาครั้งที่สองของพระคริสต์ในการพิพากษาครั้งสุดท้ายเพื่อทำให้บริสุทธิ์อีกครั้ง การถือรักษาวันสะบาโตแบบชาวยิว คือนมัสการพระเจ้าในวันที่เจ็ดคือวันเสาร์ ทานอาหารตามบัญญัติในคัมภีร์ไบเบิลภาคพันธสัญญาเดิม ผู้นับถือมีทั่วโลก สำหรับประเทศไทยนั้น กลุ่มนี้ได้ส่งศาสนทูตเข้ามาเป็นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1918

คณะเควกเกอร์ หรือสมาคมมิตรภาพ (Society of Friends)

คณะเควกเกอร์ (Quaker) เกิดในอังกฤษ โดยจอร์จ ฟอกซ์ (George Fox ค.ศ. 1624 - 1691) แต่แพร่หลายในอเมริกาโดย วิลเลี่ยม เพน (William Penn ค.ศ. 1644-1718) โดยเฉพาะในรัฐเพนซิลเวเนีย ซึ่งเป็นดินแดนแห่งแรกที่เพนได้มาตั้งรกรากและทำการเผยแพร่ศาสนา นิกายนี้ต้องการรื้อฟื้นศาสนาคริสต์แบบดั้งเดิม จึงเน้นประสบการณ์ตรงในการเข้าถึงพระเจ้า โดยใช้แสงสว่างที่เกิดขึ้นภายใน (Inner Light)